档案资料记载，巫恒通随后率部转战茅山，其胞兄巫恒仁及怀有身孕的嫂子，自己的弟弟都在战斗中牺牲，他依然战斗在最前线，不断粉碎日军扫荡，使新三团成为一支抗日劲旅。
1941年1月，新四军军部及所属九千余人奉命北上转移途中，遭到国民党包围袭击，大部分壮烈牺牲，发生震惊中外的皖南事变。与此同时，日寇趁机反复扫荡茅山抗日根据地，新三团在失去主力支持下，与日寇重兵连续奋战，处境异常险恶，但巫恒通率军连续苦战而不溃。
1941年春，新四军奉命改编，新三团与长滆人民抗日自卫团合编为新四军六师十六旅四十七团。同时，又自上而下建立各级抗日民主政府，茅山地区划为第五行政区，巫恒通改任第五行政区督察专员兼句容县长。
在敌伪包抄下穿插游击
幼子被鬼子抓去当人质软禁
句容市档案馆档案资料中记载，在1941年春，巫恒通不顾艰险返回茅山，在敌伪日夜包抄下穿插游击，边恢复抗日根据地，边开展民主政权运动。敌人对此非常惊恐，却又无可奈何，竟将其子巫健柏软禁起来。
巫健柏在家中告诉记者，当时自己年仅11岁，哥哥和父亲都在外参加革命，自己跟母亲在家中躲着。“那时候父亲常年在外革命，不常回家，即使回来，也都是趁着夜里天黑时探望。当时我知道父亲在附近打游击战，由于家中经常被搜查，我与母亲为了避难，都是住在村后边姑母家，或者姑母家旁边一处废弃的宅子里。要不就住在姑母家阁楼里的空隙间。”
巫健柏对记者说，父亲一直在北窑一带活动，1941年除夕，日伪军料想巫恒通可能会在这天回家过年，悄悄地包围了整个村子。“三十儿晚上很热闹，孩子都去外面热闹地方玩，姑父那天负责巡逻，我便跟随姑父，准备巡逻完之后一起回家。”巫健柏说，就是在此时，日伪军闯进村子，四处搜索，一眼认出了自己是巫恒通的儿子，便把他抓去句容县城。
巫健柏说，日本鬼子将自己软禁在天主教堂里，让一个驾驶员的老婆看管。后来，换了另外一个日本妇女看管，那人没有孩子，很喜欢小孩，便由她来带。巫健柏说，其实当时自己虽然小，但是知道，这是准备将自己作为人质，牵制父亲。
