当时，日寇志在南京一线，对苏北只图占领交通重镇，而县长外逃后，见日寇无意泰兴，便重返县城，不仅如此，他反而诬陷巫恒通等惧敌外逃，勒令率部速归。张恨愚恐归后受到追究，骗去巫恒通携带之4000元公款，又将所部枪支奉送南通如皋区保安司令部，谋得一官半职。泰兴县政府借口巫恒通擅离职守，携款潜逃而通缉他，巫恒通被捕入狱。
对于一个县教育局长而言，教育是拿手本领，这一点在巫恒通的狱中生活里展露无遗。第一次入狱的巫恒通，谈笑自若，以雄辩之才宣传抗日救国，使探监人和同牢人无不折服。当局为加强看守，令他与看守人同住，但为时不久，看守人被说服，并暗中为巫恒通传递信件。当局没办法，将巫恒通软禁在一家旅社，派法警看守，然而法警与旅社主人均对巫恒通蒙受的不白之冤深表同情，因此尽力给予方便。
1938年夏，新四军创建了苏南抗日根据地，巫恒通得知老同学管文蔚在丹阳组织抗日武装，便让长子巫健松去丹阳捎信管文蔚，并决心回乡抗日。
后来，他选择投笔从戎
巫恒通的儿子巫健柏告诉扬子晚报记者，以上事情发生不久，泰兴县长换了其他人，江苏省教育厅里父亲的好友多方疏通，于是，在1938年底，巫恒通交保释放。
出狱后拒当教育局长
加入新四军成立抗日自卫团
重获自由的巫恒通先到教育厅所在地淮阴述职，向好友致谢。然后婉词谢绝新职，风雨兼程渡江南下。巫恒通回到姚家桥时，正赶上新四军一支队司令陈毅到管文蔚处视事，三人相会畅谈抗战大计。
巫恒通与陈毅长谈之后，次日便送长子巫健松到新四军军部教导总队学习，决心投笔从戎，跟随共产党抗日救国。他受命在句容东北区组建武装，因为这里层峦叠嶂，居高临下，足以扼制长江及京沪铁路，地势险要。他联络两股武装，合编六十余人的一支队伍，改称“句容县东北区民众抗战自卫团”。巫恒通任团长。随后，在陈毅帮助下，队伍不断壮大，很快发展为5个大队。1939年11月，新四军江南指挥部建立后，陈毅、粟裕将巫恒通部编入新四军，改编为新三团。
