日本防卫相岩屋毅在16日的记者会上强调“调查始终以日本为主体”。他解释称“F-35A是携带大量应高度保护机密的机体”，表示“希望在以我国为主体的同时得到美国的协助，切实查明原因”。不过他未透露具体的协调情况。
日本防卫装备厅长官深山延晓在16日的参院外交防卫委员会会议上就事故前部署的总计13架F-35A表示，进行试飞与飞行训练中在国内紧急着陆的情况有7次。防卫省此前透露的仅为3次，分别是事故机2次和另一架1次。深山解释称，F-35紧急着陆后均进行了妥善的维修与检查。
日本防卫省在事故后透露，坠海战机在2017年和2018年有2次在飞行中因故障而紧急着陆。防卫相岩屋毅介绍称将调查其与坠落的关联性，但此次飞行是在改善问题点之后展开的，因此与事故原因挂钩的可能性较低。
美国洛克希德·马丁公司生产的F-35由美英意等9国共同开发，具有难以被敌方雷达捕捉到的卓越隐形性、高度灵活性和导弹探测能力。
报道称，坠落的机体在日本爱知县三菱重工业小牧南工厂组装，但并未涉及有关军事机密的部分，由美方进行最终试验。若能回收搭载的飞行记录装置并进行分析，查明事故原因的工作有望取得重大进展。但由于担忧机密性高的F-35A情报外泄，美方必然欲掌握主导权。事故调查中的日美责任分配将在今后敲定，日本防卫省官员认为“在机体找到的时候美方将有所动作”。
