建立联合作战指挥体制
美军认为，军事改革的重要任务是要理顺指挥体制，消除制约军队发展的机构性和机制性矛盾。为此，美军将指挥体制作为军事改革的核心内容，并采取了循序渐进、逐步突破的方式，解决了长期以来军队存在的日常管理与作战指挥权责不明、指挥机构臃肿、各军种联合不力等问题，建立了高效的联合作战指挥体制。
早在20世纪40年代末，美军就开始了构建联合作战指挥体制的尝试，经过若干次的改革，但始终无法发挥效能，这致使美军在一系列的战争和军事行动中受挫。越南战争中，美空、海军因难以实施联合作战，受到了广泛的批评；1980年伊朗营救人质行动惨遭失败，更是将美军推向了风口浪尖；1983年，美军入侵格林纳达，原本是一次联合作战行动，但由于各军种在联合执行任务的问题上难以达成一致，最后不得不在格林纳达岛中部画出一条分界线，陆军和海军陆战队各负责一半。在行动中，各军种因相互缺乏配合，造成了100余人的伤亡。
一连串的失败教训引发美军高层的深刻反思，他们发现，问题的根源在于指挥体制的不完善。他们认为：“体制的问题，只有通过自上而下的改革才能彻底解决。”鉴于此，美国于1986年10月颁布了《戈德华特——尼科尔斯国防部改组法》，从制度上对美军的指挥体制进行规范。这一法案也因此被认为是“二战以来美国具有里程碑性质的国防立法”，成为美军由单一军种作战走向联合作战的“分水岭”。
按照该项法案的要求，美军首先从国家领导体制入手，理顺了军队“养兵”和“用兵”之间的关系，建立了军政、军令两种相对分立的指挥系统，形成了由总统和国防部长到各军种部→各战区军种司令部→建制部队的行政管理和后勤保障链路，以及总统和国防部长通过参联会→战区联合司令部或职能司令部→作战部队的作战指挥链路。
在局部战争中，总统和国防部长首先通过参联会将命令下达给联合作战司令部，联合作战司令部根据任务提出兵力需求，再由参联会指示各军种部确定哪些部队参战，部队到达作战地域后，战区联合作战司令部将对所辖各军种部队和其他配属及支援力量进行联合编组，并实施统一的指挥。
在美军的这一指挥体制中，部队平时的管理和战时的指挥分属不同的职能机构。为确保联合作战指挥的高效性，解决政令分离后部队作战执行力的问题，美军还配套建立了严格的运行保障机制，规定陆、海、空各军种部只能负责本军种部队的建设问题，无权指挥部队作战，联合作战的指挥由战区联合司令部专职实施。此外，美军还规定部队到达战区后，要高度服从战区联合作战司令部的指挥。战后，战区联合作战司令部要向参联会递交各参战部队详细的行动报告，对部队的作战情况、指挥官的指挥能力进行客观地评价，并据此作为军官提升任免的重要依据。
美军实行军政、军令相分离的指挥体制，正是考虑到了军队“养兵”和“用兵”两者间的不同特点和内在要求，通过将作战指挥权集中统一，将指挥机关职能单一化，避免了两个系统因职能重叠从而导致效能的降低，有利于提升联合作战的指挥效率。
通过改革，美军的指挥体制虽已基本定型，并趋于制度化，但并不意味着这种体制始终一成不变。美军规定，每两年就要进行一次评估，看其运作是否适应当前面临的安全挑战、技术的发展以及战略调整的需求，以此来决定哪些机构应该保留或扩充、哪些机构应该被裁撤或合并。美军近十几年来的一系列改革动作，如把航天司令部并入战略司令部；建立北方、非洲司令部；撤销联合部队司令部都是两年一次评估的结果。
优化部队规模结构
二战结束以来，美军为谋求并维持全球的领导地位，针对不同时期的战略目标和任务需求，在不断反思战争实践的基础上，按照战时扩充、战后缩减及各军种协调发展的原则，对军队规模结构进行调整和优化，解决了军队数量究竟多大才算合适、结构如何才比较合理等建设发展的重大问题。
随着战争形态和作战方式的不断演变，美军越来越意识到，现代战争对军队的要求是小型、精干、灵活，这与二战和冷战时期追求军队数量庞大已大不相同，保持一支规模适度、比例协调，能够应对各种战争和非战争军事行动的力量，是军队未来发展建设的主要趋势，军队的编制结构必须要由“数量型”向“效益型”的方向转变。
为此，美军在改革中，按照以陆军和国防部机关作为裁撤重点，其他军种规模适度压缩的原则，对军队进行了持续性的“瘦身”。经过多次调整，美军现役部队的数量已下降到132万人。其中，陆军部队的员额被削减至50万，是陆军1940年以来的最小规模；国防部机关重点裁撤了高级指挥、保障及管理机构，削减了近20%的军官和文职人员。
削减规模后，美军的整体结构得到优化，海、空军所占的比重进一步增加。目前，美陆、海、空、海军陆战队的数量，分别占总兵力的38%、24%、24%和14%，基本实现了各军种均衡协调发展的要求。同时，不同军事类别人员间的结构也更趋合理，官兵之间的比例调整为1∶4.7，接近了西方其他主要国家军队官兵比例1∶5的总体标准。文职人员所占的比重也得到了一定程度的提升，与现役军人的比例达到了1∶1.8，实现了军官、士兵和文职人员结构的合理配置。
为实现压缩编制员额的总体目标，美军在改革中采取了“多法并举”的方式。除了按照计划，有针对性地裁减技术装备程度相对落后的作战部队及后勤保障部队外，还采取了将一些非战斗岗位的军官转成文职人员；从控制“源头”入手，减少军事院校及候补军官学校的招生员额、压缩后备军官训练团培训规模等方法，达成了裁军的目的。同时，美军还出台了“自愿退休奖励”“自愿离职奖励”“特别离职奖金”等一系列鼓励官兵主动退出现役的辅助措施，对削减军队员额也起到积极的促进作用。
美军在撤编减员的过程中，为确保能够最大限度地保持部队的战斗力，并没有一味采取“一刀切”的政策，而是将裁减下来的部分军官和士兵，按照专业特长和任务需要，择优充实到特战、网络等“新质”作战力量以及其他作战部队当中，在达成缩减员额目的的前提下，避免了专业人才的过度流失。
