在武夷山闽越国贵族墓发掘现场，杨琮（右一）和浙江文物专家一起研究问题。
1980年以来，福建省组织的城村汉城遗址全面考古测得，该城南北长约860米、东西宽约550米，周长2896米，总面积约48万平方米，相当于故宫的三分之二。通过对一系列建筑遗址的发掘，再加上对出土的陶器、铁器、铜器、建筑材料等文物的比较分析，杨琮认为此城可确定为闽越王国的都城之一，“在当时，福州屏山也曾经出土含‘万岁’字样的瓦当等文物，所以我并不否认福州作为闽越国的另一国都存在。”杨琮说，他倾向于著名考古学家黄展岳提出的闽越国二王二都论断，历史上闽越国也曾二王并立，所以一个王国两个都城并不鲜见。
1998年7月，杨琮著述的《闽越国文化》一书由福建人民出版社出版，全书共36.5万字，囊括闽越国名称由来及世系、闽越国文化遗存调查、闽越国都邑考证等关键学术观点。著名考古学家，曾任秦始皇陵、汉鼎湖宫、汉景帝阳陵等多处考古队队长的王学理认为，杨琮的研究成果促进了对闽越文明史、闽越国文化的深层探索，“要认识汉诸侯王都城，闽越国提供了标尺。要研究城市史，闽越国王城填补了汉王都的空白。”
城村汉城遗址范围内的高胡坪甲组宫殿建筑群的中部及主大殿的遗迹。
城村汉城遗址是武夷山文化遗产的重要组成部分。1998年4月至1999年12月，武夷山向联合国教科文组织申报《世界文化与自然遗产名录》期间，杨琮参与了文本申报、遗址整治、新馆建设工作的全过程，并负责向联合国教科文组织专家考察作讲解汇报等大量的基础工作，为武夷山顺利入选“世界文化与自然遗产名录”作出了突出贡献，他也因此获得申遗“个人贡献奖”。
杨琮透露说，2004年，一家出版社就向他约关于《闽越国史》的书稿，他至今还未动笔。“一是工作太过繁忙，二来也是因为考古是个动态的发展过程，我会在动笔时，把关于福州的闽越考古新发现、新研究融入，使之更加切合实际。”
