三是海洋生态环境保护仍有不足。
督察发现，一些地方和部门对重要海洋功能区保护不力。福建定海湾实业有限公司擅自改变用海方式，违法建设连江定海湾山海运动休闲项目，但2016年以来，省发展改革、海洋与渔业部门先后将其确定为福建省重点项目和海洋经济重大项目，福州市将其列入第一批市级特色小镇创建名单。2018年连江县政府为推动该项目建设，专门研究印发《定海湾蛤沙东部片区控制性详细规划》。
2017年4月，漳州市古雷港经济开发区管委会为推动古雷炼化一体化项目建设，在未取得用海手续情况下，擅自委托福建漳龙建投集团有限公司实施违法填海项目，侵占东山湾湿地，截至2018年10月，共填海造地5820亩。当地海洋与渔业部门先后两次责令该项目停止施工，但古雷港经济开发区和福建漳龙建投集团有限公司继续实施填海直至完工。2012年至2019年，南安市水头镇巷内村持续在南安市安海湾海域违法填海，侵占大盈溪河口湿地500多亩，导致局部生态系统功能严重退化，近岸海域水质明显恶化。泉州市政府在未经上级海洋部门批准的情况下，多次试图通过调整海洋功能区划使上述违法围填海行为合法化。
一些地方近岸海域污染防治不到位，福清市江阴港城经济区污水处理厂提标改造滞后，2015年以来，每天有近2万吨工业污水排入兴化湾，排水总氮浓度高达110毫克/升，超标4.5倍。福州耀隆化工集团公司私设暗管，长期利用雨水排口偷排工业废水。江阴镇、新厝镇共有8万人口，每天产生1万余吨生活污水长期直排兴化湾，兴化湾附近海域水质持续恶化。
四是督察还发现一些其他突出问题。
督察发现，福建省境内违法销售不合格油品问题未得到有效遏制，2017年以来，全省查处加油站销售不合格车用柴油141起，市场监管部门均一罚了之，未对生产和销售渠道追根溯源。福建省市场监管、商务、交通运输等部门职责不清，对企业内设加油站点的监管存在空白，大量企业内设加油站点以“自用加油”为幌子对外经营，非法销售不合格柴油。
闽江流域生态环境问题不容忽视。闽江流域现有在册农村小水电2897座，其中80%以上为引水式水电站，对下游河流生态系统造成不良影响。闽侯县门口工业区大量工业和建筑垃圾随意堆放于乌龙江边，环境隐患突出。沿江共有13个排水沟渠和企业排污口，现场督察时，正在排水的5个排口均严重超标。位于福州长乐区闽江南岸的福建泰铭新世纪科技有限公司建设“年加工100万吨不锈钢卷板(固溶热处理加工)项目”，违法砍伐林地119.5亩，涉及林木蓄积量21.06立方米，违规开采大量石材用于码头项目建设，破坏闽江沿岸生态。
督察要求，福建省要加强闽江等重要流域的整体性生态保护和系统性综合治理；要统筹推进城乡环境基础设施建设和运行；要加强自然保护区监管和湿地生态保护，加快非煤矿山生态修复，加大海洋生态环境保护力度。要依规依纪依法严肃责任追究，对失职失责问题，要责成有关部门进一步深入调查，分清责任，并按有关规定严肃、精准、有效问责。对需要开展生态环境损害赔偿或需要提起公益诉讼的，应按有关规定办理。
督察强调，福建省委、省政府应根据督察报告，抓紧研究制定整改方案，在30个工作日内报党中央、国务院。整改方案和整改落实情况要按照有关规定向社会公开。
督察组还对发现的生态环境损害责任追究问题进行了梳理，已按有关规定移交福建省委、省政府处理。
