“民营医院最愁的是没有病源，一个医院的发展他有病源才能够有口碑，要慢慢做，这时候得耐得住寂寞，没有钱的时候投资者得继续往里扔钱，继续维持。行业有句话，叫真正做好口碑了，爆发力是几何形增长的。”赵淳称，凡是挺过来的，现在都活的挺好了。
也就是从这一年，民营医院分会开始呼吁，取消民营医院营业税。这一呼吁便是8年。业界的估计说，从2000年算起的8年间，诞生的民营医院最终有三分之二没有了后来。剩下的成为今天正规民营医院领域较为有代表性的医院。
然而，这一阶段的中国医疗市场矛盾越积越多。由于吸引病患越来越困难，一些民营医院逐渐脱离救死扶伤的本职。2000年，卫生部下文严禁各级各类医疗机构将本单位的科室或业务用房租借或承包给社会上非医务人员从事医疗活动。这从一个侧面反映了问题的严重性。
肖正权称，2000年叫停公立医院承包乱像，“被清理的过程当中，国家开了口子，可以办院，可以自然人申请办院，这个时间申请办院。”这一时期，莆田系办医院迅速发展。在自然人办医院的同时，2005年左右，部队医院可承包被莆田系发现。
此时，医药市场的需求也已在爆发期。“到了2001年，虽然政府卫生投入明显增加，但还是难以满足人们的需求。于是政府又出台了一系列鼓励规范民营医院发展的政策,中小规模的专科民营医疗机构继续快速发展，一些规模较大的综合民营医院开始出现，医疗服务市场竞争态势日趋激烈，部分民营医院真正开始呈现职业化管理，呈现可持续发展的态势。”云南肾脏病医院院长葛树森说。
在北京圣马克医院创始人黄国煌眼里，真正意义上的民营医院火起来就在这个时间。1999年开始，他也从销售激光器械转身。先去了深圳博爱民营医院做职业经理人，负责品牌和市场。
2005年，企业办医院也开始兴起。据卫生计生委的数据统计，发展到2005年，经历过市场的淘汰和新生后，全国民营医院的数量是3320家。
持续放量
2005年，民营医院开始了再度持续放量的高峰时间。
在民营医院发展史上，这是第三波放量式成长。第一波是，挂靠门诊部的成立，第二波是允许设立民营医院。
卫计委公布的统计年鉴显示，2005年到2012年，民营医院数量由3220家，翻了3倍至9786家。同期，公立医院数量则下降了2000家至1.3万家。
卫计委宣传司司长毛群安告诉本报记者，截止到2015年年底，民营医疗机构达到了1.45万家。
不过，民营医院高成本的运行模式仍在持续。医疗机构数量迅速膨胀的时代，也是一个鱼龙混杂的时代。
“这个时间段里，正规与不正规已经开始出现很大分歧。这是随着老百姓意识的提高，以及市场经济发展所决定的。”一为公立医院人士称。
民生耳鼻喉专科医院2005年创立。创始人谢从平说，刚开业时，也学着莆田系一些人的经营模式，来了病人狠收钱。不过，口碑是无形广告，第一个月亏了接近100万，第二个月继续，第三个月亏的更多……无论他怎么想着方法提高收费，但阻挡不了越亏越严重、客流越来越稀少的处境。“在不断亏损面前，我开始考虑，这个医院要建立成什么样的医院。假如是我自己父母、朋友心目中的医院，那或许才是对的。”谢从平称。
