问题在聚集
2000年末时，肖正权以120万接手北亚医院。在这之前，他任职于中国中医研究院科技合作中心。从90年代初开始，在“搞活经济把科研转化为生产力”的号召下，各科研单位便赶时髦一样纷纷办公司。中国中医研究院科技合作中心也在列。
丁先生去世后，她老伴坚持多年，但终因财力不支欲将医院整体转让，要求转让费为120万。此时，肖正权所在单位欲接盘，但无法接受这个报价。医院的全部资产是24个员工，每年28万的房租。当时业界给出的估值80万较为合理。
在与丁先生老伴推心置腹后，肖正权答应了120万的价格。“老先生的一席话很打动我。这么多年由于经营不好，我把所有的积蓄全都花光了，也借了债，总共的所有是120万，现在我什么都没有，我现在80岁心脏不好，如果明天去世了，所有借钱的人，支持的人，就都没有办法了，这些东西都成为遗憾了。”
其时，在肖正权代表单位和丁先生老伴谈时，也有买主找上门，但“老先生觉得我也是医生，还是个'正经人'，觉得我这人不错，哈哈。”肖正权回忆当时的情景，不禁笑出声。肖正权接手之后，北亚医院于2001年脱离挂靠，成立北京北亚医院独立法人。
不过，发展到2000年前后，诸多矛盾已经开始在民营医院身上聚集。
国家对于医疗机构进行分类管理，营利性机构一律参照执行企业财务制度，并且开始征收营业税。这个时期，民营医院都是商业用水、用电、用地，运营成本比公立医院高出一截。税率的再增加，使得在公立医院和承包科室挤压下的民营医院盈利更加困难。
温州康宁医院成立于1998年，据《健康报》报道，康宁医院的统计显示，开始几年所有税收汇总高达医院营业额的20%，超过医院的毛利。这样的负担，压得3位股东“喘不过气来”。
2005年，温州市卫生经济学会完成了5所公立医院和7所民营医院的税费负担及其实际承担能力的调查，结果显示，公立医院的年人均收益比民营医院高出5.57万元。
赵淳发表在《中国卫生产业》2005年第11期的文章《民营医院税收之我见》中写道：在温州，现行的税费总负担已超越了当地营利性医院的实际承担能力……现存民营医院将因巨额亏损也会使公立医院的改制望而却步。
民营医院人才问题一直是一大困境，不管是过去还是现在。在公立医院的人事结构中，医生们的职称、人事关系都在地方人事局，一旦脱离公立医院体系医师职称将无法再进行。同样，退休等等保障体系也将脱离。这成为束缚医生们流动最大的因素。民营医院的人才来源，部分是公立医院退休后老专家的聘请，以及挤不进公立医院的部分护士、医学专业生的雇佣。但这样的人才结构，以及公立医疗体系的历史积攒因素，使得其无法比拼。因此，患者的就诊目标开始专向公立医院。
医保政策的实行，对于民营医院来说是一大变局。
2000年，中国拉开城镇职工医保帷幕，国有企业的职工第一批上了医保。在这之前，实行的是公费医疗，与企业内部解决制度。如国家干部享受公费医疗，厂矿职工的就医在本单位的职工医院，单位负责制。
城镇职工医保首先落地在公立医疗机构，这一落地几乎将90%的病患导向了公立医院。民营医院界诟病，这是一种不平等对待。
据赵淳介绍，在这个阶段中，多重政策夹击，民营医院几乎没有利润，很多民营老板们拆东墙补西墙。很多在东拆西借中就没有了然后。
