1999年国务院办公厅转发原国家经贸委《关于清理整顿小炼油厂和规范原油成品油流通秩序的意见》(以下简称38号文件)。38号文件规定，国内各炼油厂生产的成品油，要全部交由中石油、中石化的批发企业经营，其他企业不得批发经营，各炼油厂一律不得自销。这一下子就把民营油企的命脉控制了。地方政府大刀阔斧地进行了清理整顿，取消了中石油、中石化以外的许多企业的经营资格，其中不少企业被两大集团收购、兼并或者直接划转。
自此，两大集团在石油流通领域的垄断地位逐步形成。
据知情人士透露，1998年之前，民营油企享受平等的待遇，可以从炼油厂以出厂价买到油，利润相当可观。而之后，只能从两大集团以零售价买到油，成本一下提高了很多。从油贩子手上买油，克扣非常严重，一般情况下每吨扣500斤。这更是让民营油企的经营每况愈下。
内蒙古自治区的一位民营油企的老总诉苦说，自1998年以后，油品价格一路攀升，最高峰时每吨近6000元。1999年以来，他所经营的公司主要是与中石化合作，并签订了合作协议。但中石化由于资源紧张，始终不能充足供应或者无法供应，所以只能自己开辟油源渠道，到各炼油厂计划外高价采购，在夹缝中生存，真是叫苦不迭。亏多赢少，使企业生存艰难。
他还介绍，邻近地区民营石油企业13家，大部分处于半死不活状态，个别的彻底死掉，其原因是没有资源。石油企业投入的资本大，企业死了损失巨大，继续经营往往亏多赢少，也没被收购，倒闭的多，自生自灭。市场经济残酷无情，在与两大集团同一市场平台上无任何优势可言，价格高了无人要(成本高)，卖低了赔本不说，还被扣上了“扰乱市场秩序”的帽子。
浙江温州后京加油站的老板叶连康说，民营企业在进入石油流通领域的第一天起，就受到垄断企业的歧视和排挤。民营石油企业在税收、贷款政策方面都享受不了像中石油、中石化等国有企业所享受的优惠待遇。目前很多民营石油企业都很困惑，不知何去何从。
