一些研究发现，寄宿制学校对讲本民族语言的原住民学生给予严厉惩罚。有寄宿学校幸存者则回忆，自己曾因用本民族语言进行交流而被狠狠抽打了一顿，还被告知“印第安人语言是下贱的语言”。
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值得注意的是，除了学习以及技能训练之外，原住民儿童在学校里还需要花费不少时间做各种杂务。
比如，在萨斯喀彻温省的卡佩勒寄宿学校，孩子们需要在学校的乳牛场挤奶、照料年龄更小的孩子等；而在布鲁奎尔斯寄宿学校，孩子们有半天时间进行课堂学习，另外半天则有不同工作——女孩在厨房、洗衣房及缝纫间劳动，男孩在学校的农场种庄稼、饲养动物。
有研究指出，孩子们不仅要在学校干活，学校的饭菜也时常缺斤短两。
来自萨斯喀彻温省一所寄宿制学校的男孩在给爸爸的信中说道，“我总是饿，仅有两片面包和一碟麦片粥充饥。由于饿极了，已经有7个孩子逃跑了……”
从寄宿制学校逃跑，成了不少孩子的选择。但由于此类寄宿制学校多远离原住民保留地，很多孩子在逃跑途中丧命。
1902年，约翰·斯迪克发现了躺在雪中的儿子的尸体。他的儿子从寄宿制学校逃走时仅8岁。1937年，不列颠哥伦比亚省的弗雷泽湖寄宿制学校的4个男孩在逃离学校过程中冻死。
此外，由于教会在学校所起的作用，教师会向原住民儿童灌输西方宗教信仰。
一般来说，孩子们每天早晚都要进行祷告，宗教礼仪也是学生们必备的功课。受此影响，许多土著民族的传统仪式逐渐走向式微。
类似的情况或多或少伴随加拿大原住民寄宿制学校相始终。
20世纪中期，加拿大原住民儿童在寄宿制学校受虐的报道见诸报道。20世纪60年代，寄宿制学校陆续关门。
到上世纪末，大批印第安寄宿制学校的幸存者、幸存者家属、印第安人团体组织和机构揭露其中的丑恶行为和虐待事件。同时，有寄宿制学校的前雇员因性虐待而被起诉。
一份相关研究报告作者认为，寄宿制学校不仅是使原住民产生失落感、孤独感、疏离感的场所，也是使原住民在情感、精神、身体、心灵等方面遭到各种各样伤害的地方。
在舆论压力下，与印第安寄宿制学校相关的多方先后道歉，并调整相关制度。但这段历史对加拿大原住民的伤害远未结束。
